Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова" был образован в соответствии с приказом Министерства Транспорта Российской Федерации от 11.09.2012 № 341 о реорганизации в форме присоединения Федерального бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Государственная морская академия имени адмирала С.О. Макарова" к Федеральному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования "Санкт-Петербургский государственный университет водных коммуникаций".